Horgenzell ist, wie das gesamte Umland, römisch-katholisch geprägt. Die Gemeinde ist Sitz einiger Pfarreien, die alle zum Dekanat Allgäu-Oberschwaben der Diözese Rottenburg-Stuttgart gehören und mit weiteren Kirchengemeinden auf dem Gebiet der politischen Gemeinde Wilhelmsdorf in der Seelsorgeeinheit „Zocklerland“ zusammengeschlossen sind.
Die evangelische Kirchengemeinde Bavendorf-Winterbach ist eine sehr große Flächengemeinde. Über 100 Weiler, Höfe und Wohnplätze, die bis zu 15 Kilometer von der Kirche entfernt liegen, gehören dazu.
Kernort Horgenzell
Typisch für Horgenzell sind die zahlreichen Kirchen und Kapellen, die von den wechselnden Herrschaftsverhältnissen und dem prägenden klösterlichen Einfluss in der Geschichte der Gemeinde zeugen.
Kirche
Winterbach
Winterbach 508
Wolketsweiler
Wolketsweiler
Kirche
Hasenweiler
Hasenweiler
Kapelle
Wechsetsweiler
Wechsetsweiler 30
Kirche
Zogenweiler
Zogenweiler
Kirche
Kappel
Kappel 13
Kirche
Wilhelmskirch
Wilhelmskirch
Kirche
Danketsweiler
Danketsweiler
Kapelle
Tepfenhart
Tepfenhart 16
Kirche
Ringgenweiler
Ringgenweiler
Kirche
Winterbach
Winterbach
Kirche
Kernort Horgenzell
Kirchweg 12
Kirche
Pfärrenbach
Pfärrenbach 8